肛瘘的发生是一个慢性的演变过程。起初可能只是肛门口长出的一个硬疙瘩，逐渐长大就形成了肛门脓肿，刚开始有点疼，脓肿破溃后，突然就不疼了。但这并不代表病好了。之后，肛门附近会反反复复出现脓肿、破溃，肛门脓肿就形成肛瘘了。不少患者因为惧怕手术，一拖再拖，甚至长达数十年，结果导致很多并发症发生，最常见的有以下几种。
１。肛门直肠狭窄：由于常年的反复炎症刺激，导致瘢痕挛缩，使肛门、肛管、直肠腔道狭窄，以至大便发生变细、变扁，大便困难，甚至发生腹胀、恶心、呕吐等肠梗阻症状。临床检查时，发现肛管或者直肠有明显的瘢痕，肛门紧缩，甚至食指难以通过，个别病人在直肠末端出现瘢痕隆起，类似于直肠癌的体征，很容易误诊。有些人没有经过检查自认为是习惯性便秘，并经大量中西药治疗效果不明显。
２。肛门不完全性失禁：由于肛瘘反复发作，导致肛管直肠周围肌肉和软组织广泛感染，大量结缔组织的增生、变硬，使肛门周围失去弹性，从而影响肛门的关闭功能，有时对稀便难以控制，造成了不完全性肛门失禁。
３。肛门慢性湿疹：由于肛瘘反复发作，瘘管常有分泌物溢出，长期刺激肛周，导致皮肤慢性湿疹，患者奇痒难忍。
４。肛瘘癌变：经临床观察与国内外文献报道，肛瘘超过十年以上容易发生癌变，与长期慢性炎症刺激有关。可能由于局部区域淋巴结构被破坏，免疫力降低，使瘘管组织逐渐癌变。表现为肛瘘外口排出黏胶状分泌物，切开瘘管后瘢痕组织脆硬易出血。
