通知指出，申报专科所在单位必须为三级甲等医院，且在本专业具有较高知名度，诊疗能力处于本专业领先地位。原则上应为国家中医重点专科，床位数大于或等于60张。申报还在医疗安全方面设置了条件，要求申报专科近3年内无重大医疗事故，专科所在医院近年来未发生重大医药购销领域和医疗服务不正之风事件。专科应按要求报送中医病案首页监测数据和国家中医重点专科建设监测数据。
此次专科的申报范围涵盖针灸科、推拿科、肺病科、肝病科、脑病科、肾病科、妇科、脾胃病科、内分泌科、心血管科、康复科等22个科室类别，由各省级中医药管理部门按要求组织确定申报专科，每个省份每个专业只能推荐1个专科。国家中医药管理局直属(管)医院分别由中国中医科学院和北京中医药大学组织申报，每个专业推荐1个专科，每个医院申报专科数量不得超过6个。申报材料报送截止日期为2017年4月20日。
